Hola Alx, voy a "intentar" responder a tus preguntas...
-¿En qué se nota?
Pues en varias cosas: algunos tardan mucho mas en arrancar o no lo hacen, o estas jugando y te devuelve al menu de la consola, o se deja de oir la musica (solo si esta en archivo, no en CD Audio)... y mas cosas así, al menos esa es mi experiencia personal con unos 10 juegos distintos.
-¿Las copias de las copias irían empeorando sucesivamente si utilizáramos Clone-CD?
En teoria no, con que se jodan la primera vez ya basta
-¿Esto sólo pasa con los juegos auto-arrancables?
Si.
-¿Por qué se copian mal con Clone-CD? (no espero respuesta a esta pregunta)
Pues no se, pero cuando usan el formato del DiscJuggler, no muy extendido y por lo visto casi tan problematico como el Clone CD por algo sera. Yo creo que el Clone CD malinterpreta ciertos sectores y los graba como le apetece y me parece que esto es porque escribe en modo RAW que por lo visto utiliza un sistema de correccion "inteligente" de sectores defectuosos, y el problema debe de estar aquí, que esos sectores que corrige los deberia dejar tal cual. La prueba es que si creas una imagen en el DiscJuggler de un juego autoboot de DC copiado con el Clone CD te dara varios errores que de la copia original no te da... Espero haberte ayudado y haber si se conciencia la gente de que el Clone CD solo hay que usarlo como ultimo recurso.