Bueno en mi experiencia no solo depende de la placa, sino también de la consola.
Tengo un PC viejo Pentium II que uso para el eMule, le tengo puesta una placa Conceptronics SATA combo para flashear el firm. Con los Samsung y los Hitachi no he tenido problema, preo con los Benq si. Solo he podido flashear fácilmente una Elite este fin de semana, arranqué la consola justo después del PC, porque si la consola está parada cuando la placa chequea si hay discos SATA conectados (después de la bios) el PC se queda bloqueado. Una vez en Windows lancé el dosflash32 y no me hizo falta el truco de apagar y volver a encender la consola, detectó el lector y se flasheó de primeras. Ayer probé a flashear la mía también con un Benq y no había forma, se quedaba congelado el PC o peor, me daba pantallazo azul. Al final la tuve que flashear desde ms dos con una placa nForce 4, y ahí si que fue todo rodado.
No le veo una explicación lógica, en teoría el lector es el mismo.