Una gran aclaracion
Incrustar es poder montar y desmontar algo y que este acto no altere al objeto donde se incrusta, asi que si hablas de INCRUSTAR subtitulos estan hablando de ponerlos en el CONTENEDOR DEL VIDEO con lo que tienes subtitulos flotantes, ya que el archivo del subtitulo esta junto con los conmponentes o streams de audio y video.
Lo que tu quieres hacer es ADHERIR los subtitulos al fotograma del video, adherir es que fundes o pegas un objeto dentro de otro con lo que se crea un solo objeto, si quieres quitar el objeto adherido estas modificando o dañando el otro objeto.
Para INCRUSTAR los subtitulos puedes usar MKVMERGE si lo que quieres es archivo contenedor de video MKV o puedes usar YAMB o MP4MUX_GUI si quieres un archivo contenedor de video MP4, o usar DivX_Mux si quieres un archivo AVI. El multiplexor no modifica ni cambia nada en el audio, video o subtititulo, con lo que dejas la calidad intacta, pues solo se limita a crear un archivo de video -MKV o MP4 o AVI o etc.- y en el inyectar una copia del audio, video y archivo de subtitulo original. Ahora puedes mostrar u ocultar los subtitulos a voluntad desde el reproductor.
Para ADHERIR los subtitulos dbes RECODIFICAR el video, con lo que perderas algo de la calidad, en el proceso el modulo rater crea imagenes de bits de los textos del subtitulo y quedan en una capa, aparte se renderiza o crea la imagen del video reproducido en otra capa, despues el encoder une ambas capas en una sola con lo que quedan las imagenes de las letras de los textos del subtitulo fundidas en la imagen del video, po lo cual quedan fijos y no se podran quitar.
Software como MEDIACODER o meGUI pueden ADHERIR subtitulos, Mediacoder mediante su propio sistema de ratserizado de los textos puede crearte subtitulos sencillos y sinmuchas complicaciones, mientras que MEDIACODER y meGUI a travez de AVISYNTH y VOBSUB/VSFilter.dll pueden crearte subtitulos mas elaborados como los empleados en los karaokes que traen efectos. Tambien AVIDEMUX mediante su filtro integrado ASS puede tambien crearte subtitulos muy vistosos para karaokes por ejemplo.
La ventaja de mediacoder, avidemux es que pueden crear audio y video de muchos formatos -ac3, mp3, mp2, PCM, AAC, Ogg, etc. y divx/xvid, h264, vc-1/WMV9, WMV8, RM, VP8, h263, etc- y dar salida en muchos contenedores de video -MKV, MP4, AVI, MOV, RMVB, FLV, OGM,MPG, etc.-
Ahora, no se principlamente en donde querras ver esos videos, pero si es mediante yun reproductor DVD o BRD casero lo mejor seria crear un DVD-VIDEO, para ello puedes usar Pegasys DVD Authoring Works 4 o ConvertXDVD, estos codifican el audio y video en MP2 o AC3 y en MPEG-2 y toman los archivos de subtitulos para convertirlos en archivos SUB que se incrustan en el archivo final VOB. Se graba todo en un DVD-VIDEO y lo podras ver en tu aparato reproductor con los subtitulos al tamaño y posicion adecuada.