El emulador lo que hace es pintar de cero en una resolución mayor que la nativa (480 de alto) por eso se pueden ver esos juegos a mayor resolución y no suelen sufrir porque no es postprocesamiento de la salida, sino que crea la imagen ya a esa resolución. Nintendo no está capando nada ni hace los juegos a 1080 y luego los reduce, es el emulador el que se está "inventando" una forma de funcionamiento que no es el nativo.
Así las cosas, la Wii sólo saca como máximo imágenes de 480p. ¿Que algún día tendremos una máquina retrocompatible que pueda ejecutar los juegos de Wii? Probablemente ¿que los ejecute y pinte en una resolución mayor como el Dolphin? Nadie sabe.
Yo no me preocuparía. Si quieres jugar a tus juegos de Wii en el Dolphin, adelante, a ver si tienes suficiente PC, porque mis pruebas han sido desastrosas hasta el día de hoy.