Ante estos casos, DRAE:
Aceituna: (Del ár. hisp. azzaytúna, este del ár. clás. zaytūnah, y este del arameo zaytūnā, dim. de zaytā).
Oliva: (Del lat. olīva).
Las dos palabras se recogen en el DRAE, de modo que es correcto. Lo que pasa es que en algunas zonas de dice de una manera, y en otras de otro como es frecuente en algunas palabras (cerdo se dice de muchas maneras dependiendo del sitio, o la lluvia finita). En catalán también coincide que se llaman olivas, pero eso es porque tanto el castellano como el español vienen del latín así que te pese o no, es correcto xD