Probablemente desmontes mal la unidad de memoria, y los datos queden "a medio copiar".
Es frecuente que en Linux la barra de copia termine antes que la "copia real" es decir, que siga copiando aunque no te aparezca la operacion en pantalla.
Bajo Debian (y supongo que Ubuntu otro tanto de lo mismo):
Cuando le das a "desmontar dispositivo", y sigue copiando, te aparece abajo a la derecha un mensaje que pone "Escribiendo en el dispositivo", no lo retires hasta que ponga "Es seguro retirar el dispositivo".
Si tienes dudas, revisa la luz que indica el acceso al dispositivo en el lector de tarjetas (suponiendo que tenga una luz), y espera unos segundos desde que deje de parpadear (normalmente parpadea durante la copia).
Si esto no funciona, probablemente la memoriadel R4 esté corrupta o puede que los archivos que copias no sean leidos bien. Si los copias desde una particion o disco duro NTFS asegurate de tener instalado el paquete ntfs-3g y montar el disco o partición con él.
)