Si las 3DS's son de diferente región, una PAL y otra USA por ejemplo, YA TE CONFIRMO QUE NO.
Si son de la misma región, es muy provable que funcione.
Aunque hay dos observaciones: La primera, es que el juego en Europa no sale hasta el 14 de enero del año que viene. Y la segunda, es que con Gateway, vas a poder usar tu juego USA en tu 3DS PAL sí, pero no vas a poder activar el multiplayer local, pues te dará error. Tienen que ser de la misma región 3DS y juego.
Ahora mismo, necesitarías dos 3DS's USA, con un solo juego original USA, o en su defecto un Gateway con tu copia de seguridad USA, para poder veros en el modo descarga, habilitando así el multiplayer local.
El Team Gateway 3DS me confirmó que lo soluciorán con el tiempo, lo del REGION FREE a todos los niveles, y no solo en one player como viene sucediendo hasta ahora, sino también en multi local y de internet.