¿no estaras confundiendo AVCHD y su estructura con el MKV?
Lastimosamente el grupo Matroska no a lanzado un software que permita hacer los menus MKV de manera sencilla y lo peor es que muy poca documentacion dan, quiza usando el Pegasys TMPGEnc Author with DivX se pueda realizar los menus ahora que la compañia DivX adopto el contenedor matroska video como el contenedor oficial.