Vale, ya he encontrado los contras de usar este método (Coldboothaxchi + MochaCFW):
-Una vez lo ejecutas, el Wupinstaler falla. El problema de que falle el Wupinstaller, creo que es cosa del MochaCFW por lo que he leído.
-Cuando entras en un juego, y sales de él, el coldboothaxchi vuelve a iniciarse, y se queda en un loop infinito.
-Cuando instalas el Coldboothaxchi, pierdes la función del archivo config.txt del Haxchi, por lo que no puedes acceder el Homebrew Launcher desde ahí. Probé a instalar el canal Homebrew Launcher sin firmar de Dimok.
CONCLUSIONES:
-Falta por pulir este método, ya que, estas dos herramientas fueron hechas por dos personas distintas, y es norma que no funcionen bien juntas.
-He desinstalado el Coldboothaxchi, y he vuelto a Haxchi, configurando el config.txt para poder seguir probando tanto el MochaCFW como el sing_patcher.
-No sé si estes fallos los están debatiendo en GBATemp, ya que mi nivel de inglés es horrible, y que los users no dejan de meterse unos con otros.
Saludos!