yo tambien uso el mediacoder y es muy bueno pero los problemas son originados por error humano ya sea en que codificaron mal el video o bien nosotros estamos usando ajustes que no son los mejores en la configuracion del audio y video, por ejemplo, suele ser mala idea usar una frecuencia de muestreo mucho mayor a la original del audio.
Tambien influye las caracteristicas de nuestra computadora pues en MP4 AVC -video en h.264/x.264 y audio en AAC- existen algunos PERFILES que hacen mayor uso del procesador y si este no es bastante potente pues tendras problemas en la decodificacion y por ende problemas en la transformacion a otro formato.
Yo te recomendaria primero codificar el audio y al final anexarlo al video que ya tienes en XviD, para hacerlo ve a la pestaña VIDEO y quita la marca de Habilitar VIDEO, ve a la de AUDIO y elige como CODIFICADOR LAMEmp3, en REMUESTREO deja ORIGINAL, en CANALES elige ESTEREO y marca la casilla de FUENTE en AUTOMATICO. Del panel derecho de las opciones de LameMP3 en PRESET deja CUSTOM y en MODO elige CBR para despus dejar CANALES en ESTEREO y mueves el control deslozable hasta 128Kbps para audio con calidad de CD, por ultimo solo usa el boton START y tendras un archivo MP3 de tu video, abrelo y asegurate que se escucha bien.
Comrobado este audio en MP3 lo anexaremos al video en XviD que ya tienes creado, borra el archivo anterior de la lista y agrega el video AVI, ahora en la pestaña VIDEO marcamos ACTIVAR VIDEO y la marca COPIAR VIDEO, elige como contenedor AVI, terminado esto ve a la pestaña AUDIO y elige en AUDIO ID la casilla EXTERNAL FILE y en la nueva ventana buscas el archivo MP3, ya solo en la barra de botones ubicada debajo de la barra de menus en lña seccion CARPETA DE SALIDA elige la carpeta donde se guardara este nuevo archivo AVI, finalmente pulsa el boton estart y mediacoder abrira un nuevo archivo AVI en el cual copiara la cadena de video en XviD y anexara el archivo MP3.
Procura tener la menor actividad de programas funcionando cuando uses archivos MP4 AVC y no esta por demas que bajes la nueva version de Mediacoder que actualiza los codecs x.264, los splitters y otros codecs.
