Para que te aparezca un juego en el fds, tienes que configurarlo para que busque los juegos donde los tienes, por defecto este no busca en ningún sitio, por lo que si no lo has tocado es normal que no te aparezcan.
Vete a UTILES, SETTING, CONTEN SETTING, y aquí busca MANAGE PATH y mete las rutas donde están los juegos y el tipo de juego que es. Tras esto yo podrás darle a escaneo manual para realizar una búsqueda de todo el contenido de esas carpetas.
Te aconsejo que actives la opción de no escanear automáticamente al iniciar el fds, así cuando inicie no tardara tanto, y lo único es que cada ved que metas un nuevo juego deberás de realizar un escaneo manual.