Tranquilo. Por lo general las SD ya vienen formatadas a FAT. Es raro que tengas un problema, a menos que sea muy mala la tarjeta. Si tienes una versión vieja del System Menu, aprovecha para instalar el homebrew channel y luego actualizas a 4.1. Después puedes leer el Hilo de DOP-IOS para informarte sobre qué más te puede convenir hacerle a tu consola.