No tiene solución.
Al parecer, cuando un juego es jugado en un firmware por debajo del que requiere (cosa posible gracias al custom firmware), al actualizar la psp a un firmware superior, los saves dejan de ser compatibles. Si se vuelve a la version donde fueron creados dichos saves, vuelven a funcionar.
Sin embargo, no es posible (al menos no lo he averiguado) el "actualizar" los saves.
Por ejemplo:
Wall-e jugado en CFW3.71M33-4. Al pasar a 4.01 los saves se reconocen como "corruptos" (no van). De vuelta a 3.71 funcionan bien.