Uf, el tema de tener un HTPC NAS todo en uno es un poco peligudo, ya que las funciones de una parte podrían "entorpecer" a la otra y resentirse el equipo. Te cuento como lo tengo yo:
HTPC
Lo más barato, con una placa "vieja", un par de slots de ram y una gráfica cutre tienes para reproducir HD. Yo tengo un Athlon X2 (bastante viejuno) con una 8400GS pasiva y un SSD (esto ya por capricho, me sobraba uno un poco viejuno y ahí que fue). Si sólo lo vas a usar como HTPC una castaña así cumple de sobra leyendo pelis vía cableado gigabit.
NAS
Este lo actualicé hace poco desde una placa base con Atom + ion con una controladora SAS (pillada en ebay muy rebajada por unos 100€ y que daba para 8 discos duros). Ahora lo tengo con esta placa ->
http://www.sapphiretech.com/presentatio ... &psn&lid=1 una controladora sata sarnosa (aunque lo ideal es pillar una PCIe 4x como esta ->
http://www.amazon.es/StarTech-com-Expre ... 744&sr=8-3 para evitar cuellos de botella en acceso a los discos), discos duros WD RED de 3TB y Windows 8. A la placa le sobra potencia para tirar de NAS, el tema es que tengo el equipo con uTorrent, emule y JDownloader, y chupan que da gusto si les das caña.
Si pones HTPC + NAS ten en cuenta que si le pones como servidor de descargas puede que le falte chicha para tirar con todo y podría darte tirones, pero con una placa como la ASUS que he puesto y una gráfica como esta ->
http://www.sapphiretech.com/presentatio ... &psn&lid=1 (34€ en amazon) deberías tener un equipo muy majo por unos 200€
La elección del disco duro y del SO también es importante. Por un lado, si te vas a Windows, el 8 implementa muchas mejoras en cuanto a gestión de archivos respecto a los anteriores. Sobre los discos, yo tiro a los WD RED por que están hechos para estar encendidos 24/7 (no meto un green ni regalado), y tienen buen precio.
Ahora bien, si no te importa gastarte un poco más y que consuma un poco más puedes tirar a por i3 (o su equivalente en AMD) con una placa micro itx. El mayor problema de esto sería que si quieres que sea silencioso te tendrías que dejar los duros en uno o dos ventiladores majos (noctua por ejemplo) y en un disipador hermoso.