Incluso con el ventilador parado, con la carga que tiene una CPU al arrancar necesitarías muchos minutos para que la CPU sufriera algún daño, e igualmente si no has desactivado todas las protecciones en la BIOS, y el throtling por temperatura, no pasaría nada, solo se apagaría solo al llegar a temperaturas peligrosas.
Lo que personalmente dudo es que si el ventilador se para el PC siga encendido. Podría ser que la BIOS tenga un perfil muy agresivo que apaga por completo el ventilador por debajo de X temperatura, pero yo pienso que hay un fallo de placa o de fuente y no pasa el POST siquiera.
Saludos