Para no complicarte la vida define un máximo de cifras, reservas un array de enteros de n elementos (según el máximo de cifras), pides números entre 0 y 9 y los almacenas en el vector y luego los vas sumando en un entero o entero largo (mirate los límites de los enteros) y multiplicando por la base elevada a la posición de la cifra en el número. Si estás en base 10, pues multiplicas por 10 las decenas, por 100 las centenas, etc.