aparentemente hay un ini llamado fceu.ini, mira ahi, y ademas pone que una vez modificado hay que ir a la opcion cargar del .ini para que cambie los datos definitivamente. No pone nada del video donde he leido, pero debe estar por ahi. Quizas encuentres en ese menu como grabar los cambios que haces en el emu. Es tema de cacharrear un poco en los menus.
"Also remember that when you make changes to FCEU.INI, you have to do a
"Force Reload of D:*.INI" from the Configuration Menu or else the changes
you made to FCEU.INI will not be loaded.