pudiera ser mediacoder, arrastras tus archivos, los seleccionas de la lista, click boton derecho y eliges agrupar, vas a pestaña VIDEO y marcas la casilla COPY, vas a la pstaña AUDIO y haceslo mismo, vas a pestaña contenedor y eliges el contenedor de salida -AVI, MPG, MKV, MP4, etc.-, boton START y deberia unir todos en un solo archivo sin recodificar ni audio ni video.
O usar un multiplexor, para archivo MKV usas el MKVMERGE/MKVMERGE_GUI del MKVToolNix, arrastras el primer archivo a la ventana del MKVEXTRACT_GUI, despues usas el boton APPEND para ir agregando uno a uno los demas archivos, en la parte inferior de la vetana pones el nombre del archivo MKV que vas a crear, boton START MULTIPLEXING y tendras un archivo MKV donde se han unido todos los videos en uno solo sin recodificacion.
Para multiplexar archivos MP4 usas el YAMB que es mas o menos lo mismo que describi arriba.
Tanto en el mediacoder como con un multiplexor y en si los programas que unan el video sin recodificar, todos los archivos deben tener las mismas caracteriticas: Misma resolucion, misma relacion de pantalla, mismo formato de audio y video y mismas caracteristicas en que se codificaron.