Como ya te han dicho, se reserva ese % para el sistema: obviamente no es la misma capacidad en todas, ya que de ser así los de PS3 con disco de 40Gb estarían jodidos (las que queden vivas, claro xD); se toma un % del espacio total.
Pero de todas formas te digo que no te agobies con el tema: yo tengo una de 160Gb y me quedan unos 80Gb libres aún teniendo cientos de save games, bastantes juegos bajados de la STORE (Battlefield 3, Battlefield 1942, Borderlands + Expansiones), instalaciones de juegos que las requieren (Skyrim, MGS4, Resonance of Fate, etc)..... así que ya ves: con menos de 160 Gb tengo de sobra y con bastante contenido bajado.
Si llegado el día me empieza a faltar espacio en el disco (de momento ese día está muy lejos) se soluciona tan sencillo como borrar instalaciones de juegos a los que ya no juegues o vayas a estar un tiempo sin jugar y listo, pero ya te digo que a día de hoy tengo muchos juegos instalados, bastantes bajados de la store, música, savegames, repeticiones...... y sigo teniendo espacio de sobra.