Sí hay homebrew que puede tener acceso a la flash, pero generalmente está bien indicado y es dificil que la dañes, (lo mejor, en tu caso, no usar homebrew que toque la flash) existen muchos juegos y aplicaciones que no te darán problemas, si en el texto que lo acompaña no dice que toque la flash, no la toca. Dale una leida a los homebrew que te llamen la atención, en cada hilo se han aclarado muchas cosas.
Por lo general ningún juego o emulador toca la flash.
Saludos.