Puedes formatearlo con las herramientas estandar que trae el sistema oprtaivo que uses:
Para Win95/98 usa Fdisk -es un programa DOS por lo que basta escribir en el boton inicio> "FDISK" {sin las comillas}-. Te aparecen varios opciones numeradas del 1 al 5 usa la opcion para cambiar de disco duro, ya despues usa la opcion para crear particiones y unidad logica y listo, ya solo usas el comando DOS Format.
En windows 2k/XP ve al panel de control>Herramientas administrativas>Administracion de equipos>Administracion de Discos.
Ahora selecciona el disco duro que quieres formatear -seguramente sera el disco 1- pulsa el boton derecho y en el menu contextual usa Formatear y selecciona el sistema de archivos a usar -FAT32 para Win9x o NTFS para WinNT/2k/XP-.