Muy buenas a todos! Después de darle mil vueltas al problema, al fin he dado con la solución.
Fichero necesario:
http://www.megaupload.com/?d=IX38CJVOTutorial:
1. Descomprime el fichero descargado y copia el fichero M3GUpdaterPlus_142.nds a la MicroSD
2. Copia la carpeta SYSTEM del menu original o del sakura
3. Arranca el flashcart en una NDS o DSi
4. En el menu de seleccionar juego, selecciona el fichero copiado anteriormente
5. IMPORTANTE: Asegúrate que tienes carga suficiente de batería, ya que puedes dejar el cartucho inutilizado. Pulsa START 2 veces y comenzará la actualización.
6. Cuando aparezca "Updating success.", puedes apagar la DS.
7. Mete el M3i Zero en tu 3DS y disfurta de ella
NOTA: Es necesario aparte actualizar el firmware con el último F_CORE 1.7.2 con el cable incluido con el cartucho. Podéis descargarlo de la web oficial del fabricante.
Un saludo a todos!