Hay una tabla en phpBB llamada "bbsearch_wordlist" (entre otras) donde se almacenan las palabras clave de las búsquedas. Si ahora un admin vaciara esa tabla, no saldría absolutamente nada en los resultados de búsqueda, y solo saldrían los resultados que se generaran desde el momento de su borrado.
Ese es el motivo por el que a mí por ejemplo me pone que tengo 1000 y pico mensajes, y en la búsqueda de mis mensajes me pone 700 y pico. En algún momento se debió de resetear.
No sé si tiene mucho que ver con tu problema, pero yo lo comento ^^