Habrá mil opciones.
Lo primero, para conectarte remotamente lo más rápido será ssh. Para torrent tienes deluge, por ejemplo, que puede ser iniciado como demonio y luego conectarse a él desde el navegador o desde la terminal (con ssh sería sencillo). Para enviarte archivos puedes usar servicios como dropbox, de modo que no tienes que tener ambos ordenadores conectados a la vez, así para pasarte un archivo simplemente tendrás que ponerlo en el directorio de dropbox y a esperar.
Otra opción sería owncloud, que no lo he probado pero creo que serviría para esto.
