Es que asi es, ellos te cobran eso porque van a cambiar tu placa base (o motherboard), ese daño es un defecto, a mi me paso que primero solo se veia con el super smash bros, despues de un tiempo empezo a verse en el menu de canales y practicamente en todo, como aqui en mexico solo tenemos un año de garantia y a mi me quedaban 4 meses pues me apure y la mande, ellos me explicaron que le cambiaron la motherboard, porque no hay otra solucion, te recomiendo que en lugar de mandarla a ellos, mejor la compres por tu parte, generalmente ese tipo de talleres te roban piesas, no es dificil cambiarla, yo armo y desarmo completamente mi consola y si necesitas mas ayuda mandame un mensaje privado.
Saludos.
Edito: Ahora que recuerdo, el SAT de nintendo tiene una tarifa plana para cualquier tipo de reparacion, consultalo con ellos y ves que te combiene, pero yo te sigo recomendando que la compres tu por tu parte.