Bueno, si ya tienes instalado el W98 en un disco duro y en el otro aun no has instalado nada, es muy facil. Instalas el disco nuevo vacio, arrancas con win 98, metes el CD del XP, dices que instalacion nueva (no sobreescribir) y lo instalas en el disco nuevo. EL XP automaticamente te creara el gestor de inicio para que puedas elegir que sistema operativo arrancas.
Vas a tener alguna pega, como por ejemplo que si el XP lo pones sobre NTFS, los archivos de esa unidad/particion no los podras ver desde el W98, y bueno, que la ruta del XP sera siempre sobre "D" nunca "C" ya que sera del W98.
Si por el contrario el XP ya estaba instalado en el otro disco duro nuevo, vas a tener mas problemas ya que ambos sistemas estaran sobre "C" y no funcionara el que este de secundario (depende de cual sea maestro y esclavo). Si es este caso, una utilidad como el DriveMapper puede solucionarlo, pero esas "chapuzas"... nunca me han gustado.
Por ultimo, si ninguno de los sistemas operativos esta instalado y no quieres complicarte la vida creando un gestor de arranque "a mano" instala el SO mas "torpe" primero (W98) y el menos "torpe" (WXP) despues, asi te crea el gestor el solito.
Saludos!!