El juego de las Tortugas Ninja lo ha hecho Activision, y no participa en el programa de puntos del Club Nintendo, aunque en la página de Nintendo pone que sí. Te lo puedo confirmar porque me mandaron un email para comentármelo. No obstante, si reclamas con la factura de compra al Club Nintendo en contact@nintendo.es es posible que dentro de unas semanas o incluso un mes te den la razón y te emitan los puntos de ese juego en concreto, ya que Nintendo tiene la posibilidad de hacerlo.
El segundo juego que comentas no sé si es el Lego Marvel Super Héroes o el Marvel Super Hero Squad. Si es el primero el juego sí aparece como que se puede registrar en el Club Nintendo, pero yo lo compré nuevo y tampoco traía puntos. En ese caso, debes reclamar a Nintendo con la factura de compra como te comenté antes. El segundo juego sí incluye los puntos, si lo has comprado y no los tiene es posible que hayas comprado un juego reprecintado, y deberías reclamar.
Saludos.