Yo hago esto todo el tiempo, para los sistemas uso RetroReloaded, que es una sistema que ya trae empaquetado lo mejor de la scene, Atmosphere, Hekate, SXOS(tienes que poner tu license.dat) y todo desde un boot cómodo incluso puedo entrara al Orginal Firmware desde ahi y hacer reboot to payload, lo que me da la posibilidad de no tener que inyectar el payload de nuevo, Entonces tengo 2 memorias, y cuando voy a cambiar, o me voy a cruzar de CFW, abro el Reboot to Payload.nro y el recarga el menú de RetroReloadaed (os dejo el GitHub:
https://github.com/RetroGamer74/RR_RetroReloaded) y una vez cargado cargo Hekate, donde me permite hacer el cambio de la microsd sin apagarse, es mas me sale un mensaje que ha detectado que estoy cambiando la microsd, espera que ponga la nueva, el solo hace un recargado y ahi mismo puedo escoger volver a entrar a SXOS, Rapido Facil y sin problema. lo que hice al inicio fue poner ambas microsd nuevas, para que nintendo creara su carpeta y de ahi con RetroReloaded cargue todo en una aliste todo y solo deje vacia la parte de los XCI y meti diferentes juegos en cada microSD, asi tengo una para juegos serios y otras para juegos casuales, dependiendo de que quiero jugar, esa ha sido mi experiencia y la comparto.