Bueno yo tengo una teoría xD, no se si sea correcta pero me da la impresión que es eso.
Más que una protección me parece un fallo de la ROM, lo digo porque en casi todas las Demos (Y SI LO SE... ESTA ES LA ROM COMPLETA NO UNA DEMO SOLO ESTOY COMPARANDO!) cuando está por terminar es facil darse cuenta, o te ponen un mensaje o algo, no te aparece el pantallazo así de la nada de "Gracias por Jugar".
Ese mensaje que aparece me suena más como al mensaje final cuando terminas el juego y te dicen "Gracias por Jugar" y luego se va a la pantalla de inicio (no se como sea el de la versión japonesa...), ya que no ocurre por tiempo sino por carga, cuando pasas a otro mapa o lado donde el juego tenga que cargar "algo" entonces aparece la pantalla, da la impresión de que al cargar hay un error y se salta todo el código hasta el final.
Aunque esto no explica porque en unos flashcart si funcione y en otros no, tal ves la forma de trabajar del flashcart es lo que influya. No se si alguien comparta mi idea y sepa como comprobar el código de la ROM, porque yo entiendo algo de hexadecimal y estoy trabajando con arquitecturas RISC pero no se mucho de como funciona en la DS para revisar
Saludos