el formato 3D es como el de cualquier otro video con diferencia de que tiene el doble de resolucion horizontal si de normal tuviera 1920 pues tendria 3840 y apareceria la imagen duplicada (como dos imagenes a la vez) y ya en el televisor seleccionas la opcion de "side by side" y te superposiciona las dos imagenes creando la imagen 3D
esto tambien puede ser doblando la resolucion vertical en vez de la horizontal y el tipo de opcion 3D seria up&down o algo asi.
el formato que usa suele ser MKV (aunque tambien puede ser avi o mov) y con codificacion H264, vamos, como cualquier video normal...