Según lo que tengo leído sí, solo FAT32 con la limitación de tamaño de archivo que la acompaña, que en teoría es de 4 Gb.
Todo lo que veo al respecto es frustrante. Estoy intentando meterle una tarjeta de 64 Gb a una new 3ds XL con OFW y ya en formato FAT32 con el partition Wizard, pero no me la reconoce la consola, ni con 32 kb ni con 64 kb, cuando todo el mundo dice que es posible (aunque no aclaran si vale para las que no tienen CFW, se intuye que si)