El juego va ligado a la consola y al usuario(y digo usuario, por que no es necesario enlazar ninguna cuenta para que funcione la tienda), por lo que, si tu intencion es dejarla de fabrica, perdera el juego, ya que aunque sea la misma consola, no sera el mismo usuario.
Por lo que en cierto aspecto no te compensa pillar la sd, si quieres todo a cero, pero por otra parte, no se que pasaria si en vez de formatearla, quitases la cuenta de la tienda y cambiaras los datos de la consola(vamos, mii principal, el nombre y la fecha de cumpleaños en la consola, y borrar datos programas de la consola aunque es un poco coñazo).
Y realmente no se que pasaria, ya que yo no lo he realizado, pero si formateas te confirmo que pierdes el juego