A mi me paso tras una actualización extraña que hizo la consola, la verdad yo te recomendaria como hice pasarte a luma3ds, que es solo copiar otros archivos a la sd y con la ultima versión a mi se me soluciono ese problema, y me funcionaba todo correctamente.
Concretamente los archivos a copiar, son del comprimido de luma, los archivos que estan fuera de carpetas, en la raiz de la sd, y de los que estan en carpetas, si tienes menuhax, el hax que depende de tener un tema instalado pues tienes 2 opciones:
- copiar el archivo de la carpeta menuhax, en la raiz, si quieres que inicie del tirón en luma3ds
- copiar los archivos de la carpeta hax, en la carpeta 3DS, si quieres que arranque primero menuhax y luego elegir si quieres entrar en luma3ds o donde.
Para la mayoría de otros metodos, se hace exactamente igual que menuhax, no se si habrá alguno concreto que sea diferente, aunque una vez sepamos cual usas, pues te podemos decir si copiar otros archivos o no.
yo te recomiendo el cambio, luma puede hacer basicamente lo mismo que rxtool y más y por desgracia rxtool como no recibe actualizaciones tiene problemas insalvables con ciertos juegos como por ejemplo el pokemon ultimo y problemas con las ultimas actualizaciones.