Te aconsejo que aun teniendo ya modificada tu wii, te bajes el softmodii y te leas algun tuto de lo que incluye el programa, en el te van explicando de forma algo resumida que es y para que sirve cada una de las cosas que vas intalando (y qu eya deberias de tener instaldas si estas usando homebrew).
1. El IOS es el sistema original que usa la wii y cIOS es uno de estos sistemas modificados (Custom IOS), hay distintos por que la wii tiene instalados varios dentro de su memoria. Puedes instalar varios cIOS al mismo tiempo y luego elegir individualmente cual usar par a cada juego, esto es por que unos tienen mas compatibilidad con homebrew, con los periféricos o con un juego en concreto.
2. Leete el paso 1 si sigues sin entenderlo. Como ya dije puedes tener varios instalados al mismo tiempo o que una persona use uno distinto a otra, por ello la compatibilidad con varios.
3. Como comentas Pimp my Wii sirve para tener actualizado mediante internet u offline de una forma sencilla tanto IOS como cIOS, pero hay que tener cuidado con este programa pues puedes causar brick. De ante mano ya te aviso que si lo usas obtendrás que la pantalla de tu HBC se vuelva del reves (pequeña broma de algun scener), teniendo que reinstalar de nuevo el HBC. Sobre el backup del zelda no sabría decirte, todavía no lo he probado.
4. La responsabilidad viene dada por que puedes causar un brick al usar estos .wab, sirven para instalar un acceso directo como canal en el menú de Wii, pero si viene con algún pequeño defecto en imagen etc se brickeara, usalo con responsabilidad
Es aconsejable que tengas instalado Priiloader pues te puede ayudar a recuperar la consola.