Qué tal.
Yo también poseo la M3 Perfect SD (es transparente el cartucho y un poquito más grande que uno de GBA) con la Passcard 3, utilizo una tarjeta SD Kingston japonesa de 2 GB (es azul) que meto lateralmente al M3.
Lo único que hice fue activar el Software Reset, 1x DMA, Force R/W y Trim Rom, solo eso me bastó para que funcionara a la primera. Fíjate también en tu versión del M3 Manager, yo tengo la v36a.
El único problema que tengo (pero este es independiente del tuyo) es que la Flashcart está bastante vieja o estropeada, porque me es muy difícil hacer que lo cargue mi NDSLite, a veces se queda en la advertencia de letras rojas del inicio y no pasa de ahí, tengo que sacarlo y volverlo a intentar, así hasta que funcione, a veces no lo logro ni dandole sus golpecitos.
.
Así que estoy prácticamente igual, dependo de la suerte para poder jugarlo, no puedo sacarlo para meterle más juegos porque se vuelve a poner chocante, y en fin, por eso no he vuelto a jugarlo porque estoy esperando el Fix del Mario & Luigi: Bowser's Inside Story.
Suerte.