Si es un eboot multidisco, de funcionar sólo lo hará con los POPS del 3.71 en adelante, ya que los anteriores no soportan el multidisco. Si no te va, prueba a volver a hacer el backup en el PC desde los discos originales y volver a hacer el EBOOT a partir de las dos nuevas ISOs que acabes de generar, puede que se haya hecho mal. O prueba a volver a buscar los POPS de anteriores versiones, a ver si te faltan archivos o algo.