Poniendo siempre la resolución nativa de cada pantalla, porque así la que hará el rescalado será la consola y solamente habrá un rescalado. Si pones otra distinta, habrá 2 rescalados. Primero el que haga la consola a la resolución elegida y luego la propia pantalla hasta su resolución nativa, con las consiguientes perdidas de calidad de imagen.
En cualquier caso eso en la teoría. Lo mejor que puedes hacer es probar por ti mismo varias resoluciones y dejar como mejor lo veas.
Un saludo