Bueno pues intentare responderte.
Depende del ban, si te banean por modificar Gamescore los bans pueden variar de reset de logros a unos cuantos dias de baneo me parece (no se si lo vuelves a hacer te puedan banear permanente pero no creo) pero tu consola queda intacta vamos solo el perfil se afecta.
Baneo de flashear,Jtag- Es permanent y si todo lo que este en esa xbox queda "corrompido" no recuerdo si se han echo baneos desde la actualizacion de la usb me parece que no, asi que no se sabe que pasaria si cuando te banean tambien la usb queda baneada o algo por el estilo.
si quieres jugar backups de tus juegos originales y no te importa el live, yo digo que esa seria tu mejor opcion ya que no saldrias baneado nunca si no la conectas al live, y la verdad no se si cambiando el hdd entre xbox legitima y flasheada te salve ya que no hay informacion exacta de que y donde se guarda la informacion que micorosoft checa para poderte banear. (supongo que no lo detectarian pero la verdad no me arriesgaria)