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Sólo tendrás que hacer una única instalación de Windows. Una vez instalado sólo tendrás que entrar en VMWare o Parallels e iniciar la máquina virtual. Una vez arrancada la máquina, los programas en Windows los instalas como siempre se ha venido haciendo, no necesitas hacer nada especial ni diferente. La idea de la virtualización es hacer de "intérprete" entre el hardware sobre lo que instalas y el sistema operativo que vas a instalar.

Con la virtualización suele haber una pérdida de rendimiento, aunque ésta no tiene por qué ser especialmente significativa. ¿Has valorado instalar Windows en BootCamp? ¿qué ingeniería haces?
Yo estoy en tu misma situación, carrera y todo, y tengo instalado windows en bootcamp y ademas en parallels, existe una opcion que teniendolo en bootcamp te lo abre parallels directamente, sin necesidad de reiniciar. Es bastante comodo.
Para evitarme problemas los tengo todos instalados en windows, pero como parallels se integra tambien con macos, parece que sean programas nativos, yo tengo un macbook air, y no se calienta ni nada. Yo he usado aobre todo, unity pro, maxima, minitab, xilinx ise, y ningun problema.
En windows iniciado a través de bootcamp puedes leer y copiar los archivos del Hd del mac al de windows, pero no puedes hacer nada mas con ellos, es decir no puedes volver a copiar el archivo otra vez a su destino, aunque ahora que lo dices no lo he probado una vez instalado parallels.

Con parallels si que lo puedes hacer copiar y pegar de todas formas, no hay problema.
Si vas a virtualizar en mac yo te recomiendo VirtualBox.

Antes usaba Vmware y algún fallo en las practicas de sistemas solía tener.

Ahora particionar y meter un SO en el mac, yo pasaria... yo por ejemplo tengo una granja de sistemas operativos en un disco duro externo que me va de vicio.

Y sin tener que reiniciar.
Yo uso virtualbox para XP y parallels para windows 7 , los programas que necesito que son viejos y no tiran finos en windows 7 pues los meto en virtualbox.
Si si que tardan lo suyo en descargarse es normal, de pages no puedo decirte nada ya que no lo uso, uso Office para mac, y para coger apuntes, pues folio y boli de toda la vida [carcajad] .
Matlab es en general un poco porquería, pero yo lo he usado en OS X sin problemas.
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