En photoshop podrías hacerlo todo. Dibujar las frames (o fotogramas),colorearlas y animarlas.
En mis pinitos haciendo sprites, dibujaba cada frame en una capa (lo bueno que tiene esto,es que puedes ver la capa inferior a la que estás dibujando,así tienes, digamos, un mayor control a la hora de dibujar cada frame. El resultado es un gif. Supongo que con algún programa de grabación o de conversión a vídeo,lo podrías pasar a formato de vídeo, y más tarde, añadirle el audio.
Lo bueno que tiene esto es que no tendrías que dibujar desde cero todos los frames, sino que,copiando las capas, de los dibujos y modificándolas un poquito, ya vas logrando el efecto de animación.
De todas formas,no es tan fácil como ponerse a ello. Hay que tener ciertas nociones sobre planos, perspectivas, expresiones faciales (más que nada, a la hora de crear unas animaciones verosímiles en los rostros de los personajes cuando hablan. La boca no se abre igual cuando pronuncias una "o" que una "a") que podrías encontrar en libros sobre el tema.
...Y hasta aquí llego. La animación es un tema interesante, pero personalmente, no me entusiasma demasaido, me gusta mucho más el cómic. (de ahí que sea más de manga que de anime, de hecho, apenas veo anime
).
Probablemente algún colega de los que pululan por estos lares está más y mejor documentado que yo sobre el tema y te pueda recomendar algo mejor.
Ánimo con ese proyecto, tienes mucha faena por delante.