Te detecta solo el del SSD?
Si no te lo hace el software de clonado en el proceso (normalmente no pasa porque no sabe de que tipo de disco proviene), antes de hacer nada debes hacer un alineado de sectores del ssd a 1024. Y luego ya puedes volcar el clonado.
Si no es el caso y ya lo has hecho así, leete la respuesta a ésto: tomshardware.co.uk/forum/1029-73-dual-booting-windows-separate-hard-drives