En algunos casos, se elimina la informacion de arranque en los rippeos de DVD a cd para juegos de PS-2, puede ser que si usabas antes otro tipo de mod te salieran bien ya que haciendo swap usas la informacion de arranque del AR, y ahora con el Messiah al no hacer swap la PS-2 busque esta informacion en el juego.
Es una posibilidad, aunque mejor que como bien dice ciberlink, pruebes a repasar bien los puntos del controlador del DVD/CD.
Un saludo.