Perdón por la tardanza de mi respuesta, estaba de vacaciones
Bien, para empezar uso WinXP Professional SP3 "aligerado"(dudo que sea eso, pues con uno de fábrica experimenté algo parecido hace tiempo) y la MS es 100% original. La tarjeta la formatee vía psp, vía windows... También tuve en cuenta archivos ocultos, pero resulta que el problema es más generalizado, y también afecta a mi MicroSD de 4GB. Como lector uso un "8 en 1" usb de DealExtreme, pero me daba el mismo problema usando la psp como lector.
Resulta que el espacio que ocupaban los archivos eliminados no se libera. También se me corrompieron unos datos de la microSD y unas imágenes pasaron a ocupar (según windows, pues es imposible) 44GB, quedando inutilizadas y siendo renombradas con "carácteres raros".
Con dispositivos USB (pens,HDD externos...) no me pasa.
PD: He realizado las pruebas con la MicroSD y el lector funciona bien ahora. Cuando pueda vuelvo a probar la MS.
EDIT: La MS ya funciona bien, aunque sigo buscando respuesta al problema, que jode mucho que venga de golpe sin saber por qué y tenga que formatear