funcionar funciona en todas, excepto las que buscan archivos extras (imagenes o sonidos) en una ruta prefijada por el autor...
normalmente, solo pasa en primeras versiones de algunos emus y tarde o temprano lo arreglan leyendo la ruta donde realmente esta el programa...
aunque por ejemplo el Fastloader, si ocultas los datos no te deja volver al menu pulsando L+R+START (si al menu de la psp)... eso pasaba en la 0,5... no he mirado si en la .6 o .7 lo han arreglado.
PD: Puedes ocultar los archivos a mano tu mismo, añadiendo los espacios y simbolos adecuados, si te fijas como renombra las carpetas cualquier programa no es dificil hacerlo a mano.