Pues creo que la mejor solución en estos casos es el formateo, ya que debes tener el Windows 98 bastante tocado ya. En todo caso puedes hacer una cosa para comprobar si todo funcionaría bien al formatear, simplemente hazte una imagen de tu Windows 98 actual con Norton Ghost. En caso de que no quieras tirar cds para hacerla y si te sobra espacio en disco duro, crea con Partition Magic una partición a parte de la del sistema (si no la tenías ya) y guarda la imagen allí. Luego formatea la partición donde tienes el sistema operativo e instala de nuevo Windows 98 (o XP ya que estamos), ahora simplemente instala todos los drivers y lo básico e intentar hacer una copia con la grabadora para ver si así no falla. Si ves que no falla (lo más probable) lo que yo haría sería quedarme con esa instalación y ahorrarme problemas, si falla restaura tu antiguo sistema con Ghost y entonces la verdad ya no se de que puede ser el problema.
Mmmm, aunque ahora que lo pienso eso del monitor negro... intenta desactivar el protector de pantalla y en las opciones para ahorro de energía pon que el monitor no se apague nunca pase el tiempo que pase.