Bueno, yo sólo te puedo hablar de mi experiencia en Londres, aunque fue el primer viaje que he organizado y salió perfectamente...
Las agencias te suelen cobrar la totalidad de la beca, y no es casualidad, es que evidentemente tratan de sacar el máximo provecho de tu dinero (lo que haría cualquiera vamos).
Yo lo que hice fue buscar en primer lugar el alojamiento. Hay muchas opciones (hoteles, hostales, residencias, pisos...), yo me fui a la opción intermedia entre comodidad y precio, que es la residencia de estudiantes. Probablemente habría sido más barato un piso compartido con varias personas, pero así tenía habitación para mi solo, baño propio e internet

eso ya es cosa de ir buscando.
Para encontrar alojamiento puedes irte directamente a las webs de las agencias y ver qué residencias ofertan; inmediatamente buscas la web de la residencia y la reservas por tu cuenta

. También puedes buscar en foros que se dediquen a hablar del tema este de las becas, hay gente recomendando sitios y tal (nunca vayas completamente a ciegas).
Una vez tienes residencia, pues nada, se trata de buscar un curso lo más cerca posible de ella (o que te puedas desplazar en metro rápidamente) los hay a patadas normalmente, simplemente hay que buscar uno que no sea demasiado caro pero que tampoco sea basura (nuevamente leer opiniones sirve de mucho, y ver los cursos que suelen ofertar las agencias también).
Por último el vuelo, no hay mucho que decir, a buscar ofertas.
Si todo sale bien y no te equivocas en la elección, te encontrarás posiblemente con un viaje igual o mejor que el que habrías tenido con la agencia y 400-500 € más en tu bolsillo.
Saludos!