Pues mira, de GBA SP, lo unico que hay son colores diferentes, no hay hardwares claramente diferenciables que puedan influir en el funcionamiento de determinadas cosas, como sucede en XBOX, asi que pillatela del color que quieras sin preocuparte.
Lo unico que has de tener en cuenta, es que los F2A por LPT no funcionan bien con la GBA SP por problemas de alimentacion, asi que si te pillas un linker F2A que sea USB.
Por lo demas, todos los Linkers y FAC (cartuchos flasheables) funcionan mas o menos igual, y no suelen dar problemas, todos tienen sus pros, y sus contras, asi que como no hay ninguno que destaque claramente sobre los demas, pillate el que mejor encuentres de precio.
Este hilo quiza te interese.