Realmente el que quieras rellenar o dejar de forma estanca las soldaduras no evitaras que las mismas sufran el susodicho efecto de dilatacion.
Es cierto que una vez seco el epoxy, el pandeo del PCB sera menor, pero la dilatacion sufrida sobre el estaño de las mismas, seguira siendo elevado, y aunque lo cierto es que no habria tanto movimiento durante la dilatacion podria sufrir todo el conjunto un fallo estructural interno a causa de la rigidez del zocalo.
Es algo asi como calentar y enfriar bruscamente un cristal, es dificil que este llegue a romperse a no ser que por un lado reciba un exceso de calor y por el otro demasiado frio ... pero si añades que no pueda dilatarse en ese proceso termine rebentando (de ahi que los cristales de los coches, etc. tengan unas gomas de seguridad para cambios bruscos de temperatura)
El verdadero problema que podrias tener en el proceso de rellenado de la GPU (la parte de las soldaduras) es que te quedasen huecos con aire, y ya sabes lo que ocurre cuando dejas de forma hermetica burbujas de aire verdad???
Si no lo sabes, haz una prueba, saca una botella de agua fria del frigorifico, y colocale una goma, globo o incluso un condon en la boca de la botella que no deje ni entrar ni salir el aire... veras que ocurre al rato
(y hablamos que el cambio de temperatura es muy moderado, no hablemos de la GPU de 360 ...)
Saludotes.