Desde el HDD o el BD, es indiferente. A la PS3 le importa poco de dónde ha venido lo que tiene en RAM en ese momento.
Con unos juegos se nota más, con otros menos y también influye si llamas al XMB desde "el mundo 3D" del juego o desde un menú del mismo.
Es normal y le pasa a todo el mundo.
Saludos.