Ni más seguro, ni menos seguro.
Si el servidor en cuestión no tiene soporte SSL, tan difícil como instalarse stunnel, crearte una CA y dar certificados a los clientes y verificar accesos. Y si encima de eso, le pones un usuario y contraseña para acceder a la parte que estés sirviendo...
La única desventaja es el no poder gestionar archivos como con FTP, pero creo que Winry7 se refería más a dar acceso que a gestionar remotamente.